南通国家高新区的前身为通州经济开发区，创建于1992年，1993年成为首批省级开发区，2012年，其科学发展综合评价排名列江苏省级开发区第一。2013年12月20日，国务院批复江苏南通高新区为国家高新技术产业开发区。